L'île Météore a été déplacée dans un lieu secret pour échapper au pirate Boston Blake. Or, Dynamite, la soeur de celui-ci, a inventé une puce électronique qui lui permet de contrôler les dinosaures. Geronimo et les autres agents spéciaux sont dépêchés en urgence sur l'île afin de mettre un terme à ses agissements. Sur place, ils reçoivent l'aide inattendue d'un rongeur.